SUREDESIGN custom design tool

Производитель: Agilent Technologies Inc., США

Область применения: Генетическая лаборатория.

SureDesign – это веб-приложение, которое позволяет использовать гибкость производственной технологии олигонуклеотидов (короткие фрагменты ДНК или РНК, получаемые либо путём химического синтеза, либо расщеплением более длинных полинуклеотидов) Agilent SurePrint в создании индивидуальных микрочипов, зондов FISH и библиотек целевого обогащения NGS.

SureDesign позволяет создавать анализы, специфичные для потребностей исследования или для кросс-валидации (перекрестная проверка – метод оценки аналитической модели и её поведения на независимых данных), с использованием многочисленных приложений, поддерживаемых в SureDesign.

CGH, ChiP-on-chip и метилирование ДНК:

• создание индивидуальных конструкций микрочипов для CGH (сравнительная геномная гибридизация), ChiP-on-chip (сочетание иммунопреципитации хроматина с гибридизацией на ДНК-микрочипах) и метилирования ДНК (модификация молекулы ДНК без изменения самой нуклеотидной последовательности ДНК, что можно рассматривать как часть эпигенетической составляющей генома).
• создание своего собственного формата с помощью различных макетов, от 8 x 15K до 1 x 1M.

Целевое обогащение NGS:

• cоздание собственных шаблонов библиотек целевого обогащения SureSelect или HaloPlex, основанных на целевом секвенировании;
• удобный мастер проектирования позволяет определять интересующие области и выбирать зонды на основе целевых генов, геномных координат или селекционных параметров.

Направляющая РНК CRISPR:

• нахождение направляющих РНК, нацеленных на локусы CRISPR (короткие палиндромные повторы – система редактирования геномов) в любой последовательности;
• определение потенциальных целевых локусов-маркеров на начальном этапе или этапе отбора.

FISH-зонды:

• введение названия генов совместно с идентификаторами или геномными координатами для создания индивидуальных ДНК-зондов для определения точек разрыва, ДНК-зондов с двойным или одиночным слиянием;
• быстрая проверка результатов путем создания одного и того же анализа на флуоресцентно-меченом зонде FISH и библиотеке на базе чипов или целевого обогащения.