HaloPlex High Sensitivity TArget Enrichment System

Производитель: Agilent Technologies Inc., США

Область применения: Метод целевого обогащения с молекулярными баркодами HaloPlex HS, также применяется в продуктах ClearSeq AML и ClearSeq Cancer Research panels.

Определение соматических вариантов в популяции гетерогенных клеток является критическим для ряда задач, таких как исследований генетики рака или применения секвенирования нового поколения в иммунологических исследованиях. В отличие от мутаций, передающихся по наследству, соматические варианты часто бывают в меньшей частоте аллели, чем того требует чувствительность методов обнаружения.

HaloPlex HS представляет собой высокочувствительный метод целевого обогащения. Основой этого метода является метод HaloPlex, который в случае HaloPlex HS модифицирован таким образом, что финальная ДНК библиотека, помимо секвенируемых последовательностей, также содержит молекулярные баркоды, которые позволяют выявить риды-дубликаты. Эта модификация позволяет существенно улучшить точность распознавания последовательности даже при низких частотах аллели, по сравнению с традиционными методами секвенирования нового поколения.

Сочетание возможности изготовления панели до 5Mb по индивидуальному заказу и ускоренной процедуры пробоподготовки менее чем за 6 часов с небольшим количеством стартовой геномной ДНК (50нг), делает HaloPlex HS отличным решение для точного определения редких вариантов в клинических исследованиях.

Основные преимущества:

• индивидуально помечает каждый фрагмент ДНК уникальным 10-нуклеотидным молекулярным баркодом;
• точно определяет мутацию в генетически неоднородных образцах, представленную даже частотой менее 1%;
• хорошо отличает настоящие варианты от ПЦР-дубликатов или артефактов, возникающих при использовании фиксации формалином;
• высокая специфичность секвенирования целевых регионов и высокое покрытие целевых оснований обеспечивает превосходную точность определения ключевых вариантов;
• приготовление библиотеки занимает всего 6 часов рабочего времени, для приготовления библиотеки необходимо всего лишь 50нг геномной ДНК;
• программное обеспечение для быстрого анализа Agilent SureCall позволяет максимально быстро обработать "сырые" данные и получить систематизированные, фильтрованные и аннотированные данные о мутациях.